日志 2012-08-28

分子模擬:

  1. 昨晚、今天中午停電兩次,哎,無語,本來就著急。跑了幾天的優化又要重新跑,不過因禍得福,發現以前設置的收斂精度太高,多了兩個數量級。還原回gamess默認,這回做起來應該很快,其他機器因停電都要續跑,還好不是特別麻煩。
  2. (Klniu, /home/klniu/project/card0_me_ccocs/300_1984_400_50),20*20, 1984,這個體系是為了得到正的界面張力而繼續減少表活劑數量的模擬體系。查看界面張力是否與實驗值2 mN/m接近。在前一類似模擬之基礎上增大水層高度而設計此模擬。而且仍把Klniu和Robot拆開做,效率更高,并行上1+1>2。npt_ext1完成,npt至ext1的界面張力及其RMSD為:30.89(RMSD:897, 1ns數據)、103.07(RMSD:895)。2ns數據。鑒于Lab1和Lab2上後來數據的穩定性,決定這個機器停止20*20的模擬,做一個15*15,但油相為12烷的模擬。任務安排在結構優化任務之後。
  3. (Klniu, /home/klniu/project/card0_me_ccocs/300_1104_225_dodecane),15*15, 1104,油相為12烷,水層高度4.5nm。此模擬的目的是獲得油相為12烷時的界面張力情況。
  4. (Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_1922_400),20*20,1922,這個體系是在Klniu的基礎上減少表活劑分子數量而做的模擬,這樣同時測試比較快,萬一1984表活劑數量的體系界面張力還是負,就可以用這個了。今天沒有數據可以收集。發現在Lab1、Lab2所用的15*15的體系到後期界面張力也很穩定,因此此模擬停止,做一個15*15,添加Ca離子的體系試試。
  5. (Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_1104_225_ca),15*15,1104,添加0.75molCa2+離子,這個體系的水層高度為4.5nm。此模擬的目的是獲得有Ca2+離子存在時界面張力的情況。
  6. (Lab1, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_2108_400_ca),15*15、1104的界面張力體系開始,這個體系和Lab2的區別是水層高度為5,主要為了驗証水層為4.5與5的區別及數據的可重復性。npt_ext2完成,npt至ext2的界面張力及其RMSD為:-69.08(RMSD:1185, 1ns數據)、76.27(RMSD:1187)、11.79(RMSD:1179)。2ns數據。今天沒有數據收集。
  7. (Lab2, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_1104_225),15*15、1104的界面張力體系開始,繼續減小表活劑數量,查看數據波動及界面張力正負情況。npt_ext3完成,npt至ext3的界面張力及其RMSD為:67.98(RMSD:1160, 1ns數據)、64.87(RMSD:1177)、126.77(RMSD:1174)、172.27(RMSD:1177)。2ns數據。今天沒有數據收集。

生活:

  1. 昨晚打坐77分鐘,良好,後10分鐘在看書。
  2. 懈怠次數從2012-07-19開始:3; 因事耽誤次數從2012-07-19開始:6;
  3. 有事日期为:2012年07.31、08.11、08.12、08.14、08.15、08.20; 懈怠日期為:2012年08.01、08.10、08.21。

讀書:

  1. 繼續《論語別裁》《論語譯注》,《論語》學習背誦到了八佾第三。
  2. 《平凡的世界》結束了,一會寫個感受吧。西游記看不下去了,以前看了N遍的電視,實在提不起興趣看書,沒到時候吧,先放下。
  3. 散讀《百年孤獨》。

作者: 勿慢牛

安全方向,化學/化工專業,主要關注學佛、計算化學、C++、Python、計算機、古文化、哲學、思維方向,渴求與有共同興趣的朋友交流,詳情請查看“關于”頁面。

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