日志 2012-08-25

分子模擬:

  1. (Klniu, /home/klniu/project/card0_me_ccocs/300_1984_400_50),20*20, 1984,這個體系是為了得到正的界面張力而繼續減少表活劑數量的模擬體系。查看界面張力是否與實驗值2 mN/m接近。在前一類似模擬之基礎上增大水層高度而設計此模擬。而且把Klniu和Robot拆開做,效率更高,并行上1+1>2。npt_ext1完成,npt至ext1的界面張力及其RMSD為:30.89(RMSD:897, 1ns數據)、103.07(RMSD:895)。2ns數據。
  2. (Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_1922_400),20*20,1922,這個體系是在Klniu的基礎上減少表活劑分子數量而做的模擬,同時測試比較快,萬一1984表活劑數量的體系界面張力還是負,就可以用這個了。今天沒有數據可以收集。
  3. (Lab1, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_2108_400_ca),15*15、1104的界面張力體系開始,這個體系和Lab2的區別是水層高度為5,主要為了驗証水層為4.5與5的區別及數據的可重復性。npt_ext1完成,npt至ext1的界面張力及其RMSD為:-69.08(RMSD:1185, 1ns數據)、76.27(RMSD:1187)。2ns數據。
  4. (Lab2, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_1104_225),15*15、1104的界面張力體系開始,繼續減小表活劑數量,查看數據波動及界面張力正負情況。npt_ext2完成,npt至ext2的界面張力及其RMSD為:67.98(RMSD:1160, 1ns數據)、64.87(RMSD:1177)、126.77(RMSD:1174)。2ns數據。
  5. 今天在准備寫文章的時候,發現以前優化分子結構用的是從頭計算法,未用密度泛函,應該用B3LYP的,所以,暫停下Klniu的模擬,用B3LYP計算電荷,查看是否與以前所做相近。

生活:

  1. 昨晚打坐65分鐘,良好。
  2. 懈怠次數從2012-07-19開始:3; 因事耽誤次數從2012-07-19開始:6;
  3. 有事日期为:2012年07.31、08.11、08.12、08.14、08.15、08.20; 懈怠日期為:2012年08.01、08.10、08.21。

讀書:

  1. 繼續《論語別裁》《論語譯注》,《論語》學習背誦到了八佾第三。
  2. 繼續散讀《平凡的世界》、《西游記》。

作者: 勿慢牛

安全方向,化學/化工專業,主要關注學佛、計算化學、C++、Python、計算機、古文化、哲學、思維方向,渴求與有共同興趣的朋友交流,詳情請查看“關于”頁面。

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