日志 2012-08-13

分子模擬:

  1. (Klniu,Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_2176_400),20*20, 2176,這個體系更大,進一步檢驗數據的波動性。今天在Gromacs的tutorials上看到立方體的pme load建議為0.25,于是又調整了fourierspacing。npt_ext3完成,npt至ext3的界面張力與RMSD為:-174.76(RMSD:922)、-193.12(RMSD:926)、-120.35(RMSD:919)、-138.504(RMSD:922)。2ns數據,數據波動合理,說明體系的大小已經合適,新開一個模擬,減少表活劑分子數量。此模擬停止。
  2. (Klniu,Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_2108_400),20*20, 2108,這個體系是為了得到正的界面張力而減少表活劑數量的模擬體系。查看是否與實驗值2 mN/m接近。
  3. (Lab1, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_198_new),6*6、198的界面張力體系開始,因為上次此機器所做的多加了2個NaCl,這一次校正過來,看結果。npt_ext15完成,npt至ext15的界面張力為: -351、-501、-105、-231、-185、34、219、202、-42.92、-207.89、-220.95、-94、-268、-329、-171.08、64 bar/nm,5ns數據。此模擬延長时间,主要觀察其界面張力RMSD會不會隨著模擬時間的加長而減小。模擬停止,數據波動太大。今天又繼續做,主要目的是看界面張力會不會穩定。npt1_ext4完成,npt1至ext4的界面張力為: -570.63、-129.29、-314.09、-261.68、-285.40 bar/nm。昨天把這個模擬的fourierspacing改為0.30,所得到的pme load為0.25。效率從5.4ns/day提升為5.4ns/day。但中間調節過tau_p,從2.0升為4.0,還未測試過其影響,數據波動,且由Klniu&Robot模擬所得的數據看來,體系不夠大是主要原因,此模擬停止。
  4. (Lab1, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_2108_400_ca),20*20、2108, 811Ca2+的界面張力體系開始,主要為了看一下在二價離子環境下的表現。
  5. (Lab2, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_1232_225),15*15、1232的界面張力體系開始,這個體系很大,是在10*10的基礎上放大的,其他參數未變,考察其界面張力波動情況。npt_ext4完成,npt至ext4的界面張力結果及RMSD分別為:-217.00(RMSD:1230)、-195.32(RMSD:1226)、-42.98(RMSD:1221)、-5.93(RMSD:1220)、-20.95(RMSD:1215) bar/nm。這個數據到後期波動不是特別厲害,再做一個正界面張力的模擬看看結果。此模擬停止。
  6. (Lab2, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_1196_225),15*15、1196的界面張力體系開始,減小表活劑數量,查看數據波動及界面張力正負情況。

生活:

  1. 8月10日晚50分鐘,後20分鐘只是坐著看書,忘了為什麽了。
  2. 8月11、12兩日未打坐,這幾天風熱感冒。另外知道,風熱感冒可以吃銀翹解毒丸。
  3. 懈怠次數從2012-07-19開始:2; 因事耽誤次數從2012-07-19開始:3;
  4. 有事日期为:2012年07.31、08.11、08.12; 懈怠日期為:2012.08.01、2012.08.10

讀書:

  1. 繼續《論語別裁》《論語譯注》。
  2. 繼續散讀《平凡的世界》、《西游記》。

作者: 勿慢牛

安全方向,化學/化工專業,主要關注學佛、計算化學、C++、Python、計算機、古文化、哲學、思維方向,渴求與有共同興趣的朋友交流,詳情請查看“關于”頁面。

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