日志 2012-08-08

分子模擬:

  1. (Klniu,Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_2176_400),20*20, 2176,這個體系更大,進一步檢驗數據的波動性。今天在Gromacs的tutorials上看到立方體的pme load建議為0.25,于是又調整了fourierspacing。npt完成,npt的界面張力與RMSD為:-174.76(RMSD:922)。2ns數據。
  2. (Lab1, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_198_new),6*6、198的界面張力體系開始,因為上次此機器所做的多加了2個NaCl,這一次校正過來,看結果。npt_ext15完成,npt至ext15的界面張力為: -351、-501、-105、-231、-185、34、219、202、-42.92、-207.89、-220.95、-94、-268、-329、-171.08、64 bar/nm,5ns數據。此模擬延長时间,主要觀察其界面張力RMSD會不會隨著模擬時間的加長而減小。模擬停止,數據波動太大。今天又繼續做,主要目的是看界面張力會不會穩定。未到收集數據階段。
  3. (Lab2, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_1232_225),15*15、1232的界面張力體系開始,這個體系很大,是在10*10的基礎上放大的,其他參數未變,考察其界面張力波動情況。npt_ext2完成,npt至ext2的界面張力結果及RMSD分別為:-217.00(RMSD:1230)、-195.32(RMSD:1226)、-42.98(RMSD:1221) bar/nm。

生活:

  1. 昨天打坐50分钟,良好。
  2. 懈怠次數從2012-07-19開始:1; 因事耽誤次數從2012-07-19開始:1;
  3. 有事日期为:2012.07.31; 懈怠日期為:2012.08.01。
  4. 今天母親跟我說妹妹結婚的事情了,後來我和妹妹談了談,關于一個人的性情問題:我覺得每個人都有一個限度,什麽程度會讓人生氣,什麽時候爆發,一個人怎麽處理自己生氣時的情緒,會不會記恨,我覺得這都很重要。另一個問題:煙酒問題,這是一個度的問題,如果只是和朋友偶爾高興一下,或者遇事喝些酒,正常,但盡量不要天天喝酒,更不要在心情不好的時候喝酒,我覺得那不是解決問題的好方法。現在吸煙的人慢慢在減少吧,只是覺得這個是要戒掉的,因為,公共場合吸煙會影響別人,而在家庭裏,因為要生育小孩,也是不能吸煙的,況且吸煙是一個比較奢侈的習慣。

讀書:

  1. 繼續《論語別裁》《論語譯注》。
  2. 繼續散讀《平凡的世界》、《西游記》。

學習:

  1. 今天發現了比較好的python module,matplotlib,用于處理數據和畫圖,挺不錯,以後可以用來自動畫圖。相應的,整理了一些東西到Wiki

作者: 勿慢牛

安全方向,化學/化工專業,主要關注學佛、計算化學、C++、Python、計算機、古文化、哲學、思維方向,渴求與有共同興趣的朋友交流,詳情請查看“關于”頁面。

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