日志 2012-09-25

分子模擬:

  1. (Klniu, /home/klniu/project/card_ccocs/300_na_1250), 1250个表活剂分子,300K。主要目的是找到合适的表活剂分子数量。npt_ext2完成,npt_first、npt至npt_ext2的界面张力分别为:-320(1ns)、10.72(1ns)、160.60、52.93 bar/nm,2ns数据。
  2. 因为看到Klniu的1250个表活剂分子的模拟结果合理,因此,将Lab1,Lab2的模拟也调整为1250个表活剂分子的模拟。
  3. (Lab1, /home/klniu/md/card_ccocs/300_na_1250),与Klniu相同的模拟,主要是看结果的可重复性。
  4. (Lab2, /home/klniu/md/card_ccocs/300_na_1250),与Klniu相同的模拟,主要是看结果的可重复性。

讀書:

  1. 《六祖坛经》,《无上甚深妙密法》

日志 2012-09-21

分子模擬:

  1. (Klniu, /home/klniu/project/card_ccocs/300_na_1152), 1152个表活剂分子,300K,npt_ext1结果出现,npt至npt_ext1的界面张力结果为:298.78 bar/nm(1ns数据), 485.24 bar/nm,2ns数据。结果太大,停止。
  2. (Klniu, /home/klniu/project/card_ccocs/300_na_1250), 1250个表活剂分子,300K。主要目的是找到合适的表活剂分子数量。
  3. (Lab1, /home/klniu/md/card_ccocs/300_na_1152),npt完成,npt的界面张力结果为: 452.73 bar/nm。
  4. (Lab2, /home/klniu/md/card_ccocs/300_na_1152),npt完成,npt的界面张力结果为: 338.85 bar/nm。

生活:

  1. 打坐不用记录了,有时间会很愿意打坐,不像以前了。
  2. 这几天帮一个同学的同学写算法,主要是解非线性方程组,方程非常复杂,而且所给算法也很模糊,今天写完了,但不收敛,也不知道问题在哪,挺麻烦的。

讀書:

  1. 《六祖坛经》,《无上甚深妙密法》

日志 2012-09-19

分子模擬:

  1. 分子模拟在法会回来之后,出现一些问题,主要有两点:1. 在没有干扰的情况下,也就是我不在电脑前用电脑时,数据的波动很小,所以需要测试;2. 在去法会前把表活剂分子的结构重新用B3lyp优化了一下,电荷也随之改变,这次模拟用的是新的电荷分布,出现的结果为15mN/m,较大,所以也需要测试。因此,现在由Klniu、Lab1、Lab2同时做一个测试,看结果如何。
  2. (Klniu, /home/klniu/project/card_ccocs/300_na_1152), 1152个表活剂分子,300K,npt结果出现,npt的界面张力结果为:298.78bar/nm(1ns数据)。
  3. (Lab1, /home/klniu/md/card_ccocs/300_na_1152),同上,未到收集数据阶段。
  4. (Lab2, /home/klniu/md/card_ccocs/300_na_1152),同上,未到收集数据阶段。

生活:

  1. 法会感触特别多,真想一直跟下去,但迫于经济和世间压力、时间,没有福报和师父一直修下去,好好发愿吧。
  2. 在法会上熬腿也出成果了,现在回来,打坐不是那么疼了。现在每天打坐时间都在将近两个小时,为了专心持咒,腿疼到一定时间就换腿坐。
  3. 最让人开心的是,定力明显增强了,心中的心月轮让自己很是受用。师父的耳根圆通与念念分明,对我帮助极大,感恩师父。
  4. 现在很愿意打坐了,以前没有用金刚念诵,念到后期就很不想再进行下去了,现在学习了金刚念诵后,很愿意打坐。

讀書:

  1. 回来之后,因为打坐时间提前,再加上一些小事,读书的时间被压缩了,想办法找回来。
  2. 《六祖坛经》,《无上甚深妙密法》

日志 2012-09-02

分子模擬:

  1. 生产终于从昨天开始了,虽然仍然还有结果不合规律的忧患,但这是一个新的开始,也是一个收获的时间,希望能顺利,已经折腾快二年了。
  2. 在生产阶段,温度没有说明即为300K,体系的大小为15*15,表活剂分子为card0_me_ccocs为1104,油相没有指明即为decane,分子数3518,水层高度均为5 nm,分子数37493。
  3. (Klniu, /home/klniu/project/card_ccocs/300_na)
  4. (Robot, /home/klniu/new1/md/card_ccocs/358_na),温度358K。
  5. (Lab1, /home/klniu/md/card_ccocs/300_ca),添加0.75 mol Ca2+离子,离子数456。
  6. (Lab2, /home/klniu/md/card_ccocs/300_mg),添加0.75 mol Mg2+离子,离子数456。

生活:

  1. 08.30晚上打坐80分钟,良好。
  2. 08.31因为寝室阳台已经被拆了,而且准备模拟时间过长,回来又在封阳台,未打坐,有事。
  3. 09.01帮同学写操作excel的程序,做了一天,不过终于完成了,未打坐,有事。
  4. 懈怠次數從2012-07-19開始:3; 因事耽誤次數從2012-07-19開始:8;
  5. 有事日期为:2012年07.31、08.11、08.12、08.14、08.15、08.20、08.31、09.01; 懈怠日期為:2012年08.01、08.10、08.21。
  6. 今天要出发去观海寺了,意味着一次改变,带着学法和入佛门的心态去,希望能放下自己,收获一些东西。

讀書:

  1. 繼續《論語別裁》《論語譯注》,《論語》學習背誦到了八佾第三。
  2. 散讀《百年孤獨》、《浮生六记》。

日志 2012-08-30

分子模擬:

  1. 今天至现在(16:20)为止没有停电了,真好。
  2. (Klniu, /home/klniu/project/card0_me_ccocs/300_1104_225_dodecane),15*15, 1104,油相為12烷,水層高度4.5nm。此模擬的目的是獲得油相為12烷時的界面張力情況。任务在分子结构优化完成后进行。
  3. (Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_1104_225_ca),15*15, 1104,添加0.75mol Ca2+離子,這個體系的水層高度為4.5nm。此模擬的目的是獲得有Ca2+離子存在時界面張力的情況。今天没有数据收集。
  4. (Lab1, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_2108_400_ca),15*15、1104的界面張力體系開始,這個體系和Lab2的區別是水層高度為5,主要為了驗証水層為4.5與5的區別及數據的可重復性。npt_ext3完成,npt至ext3的界面張力及其RMSD為:-69.08(RMSD:1185, 1ns數據)、76.27(RMSD:1187)、11.79(RMSD:1179)、102.5(RMSD:1178, 1026ps数据)。2ns數據。今天没有数据收集。
  5. (Lab2, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_1104_225),15*15、1104的界面張力體系開始,繼續減小表活劑數量,查看數據波動及界面張力正負情況。npt_ext4完成,npt至ext4的界面張力及其RMSD為:67.98(RMSD:1160, 1ns數據)、64.87(RMSD:1177)、126.77(RMSD:1174)、172.27(RMSD:1177)、45.71(RMSD:1171, 754ps)。2ns數據。今天没有数据收集。

生活:

  1. 昨晚打坐77分鐘,良好,后10分钟控制不住。
  2. 懈怠次數從2012-07-19開始:3; 因事耽誤次數從2012-07-19開始:6;
  3. 有事日期为:2012年07.31、08.11、08.12、08.14、08.15、08.20; 懈怠日期為:2012年08.01、08.10、08.21。

讀書:

  1. 繼續《論語別裁》《論語譯注》,《論語》學習背誦到了八佾第三。
  2. 散讀《百年孤獨》、《浮生六记》。

学习

  1. 寻思了好几天的自动签到程序实际上已经夭折了,对网页设计和js不熟悉,很多页面的验证找不到破解的方法,放弃,还是先回到科学计算的学习上吧。

日志 2012-08-29

分子模擬:

  1. 今天中午又停电了,哎,吐槽一下。
  2. (Klniu, /home/klniu/project/card0_me_ccocs/300_1104_225_dodecane),15*15, 1104,油相為12烷,水層高度4.5nm。此模擬的目的是獲得油相為12烷時的界面張力情況。任务在分子结构优化完成后进行。
  3. (Robot, /home/klniu/new1/md/card0_me_ccocs/300_1104_225_ca),15*15, 1104,添加0.75mol Ca2+離子,這個體系的水層高度為4.5nm。此模擬的目的是獲得有Ca2+離子存在時界面張力的情況。今天没有数据收集。
  4. (Lab1, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_2108_400_ca),15*15、1104的界面張力體系開始,這個體系和Lab2的區別是水層高度為5,主要為了驗証水層為4.5與5的區別及數據的可重復性。npt_ext3完成,npt至ext3的界面張力及其RMSD為:-69.08(RMSD:1185, 1ns數據)、76.27(RMSD:1187)、11.79(RMSD:1179)、102.5(RMSD:1178, 1026ps数据)。2ns數據。
  5. (Lab2, /home/klniu/md/card0_me_ccocs/300_1104_225),15*15、1104的界面張力體系開始,繼續減小表活劑數量,查看數據波動及界面張力正負情況。npt_ext4完成,npt至ext4的界面張力及其RMSD為:67.98(RMSD:1160, 1ns數據)、64.87(RMSD:1177)、126.77(RMSD:1174)、172.27(RMSD:1177)、45.71(RMSD:1171, 754ps)。2ns數據。

生活:

  1. 昨晚打坐78分鐘,良好,后10分钟控制不住。
  2. 懈怠次數從2012-07-19開始:3; 因事耽誤次數從2012-07-19開始:6;
  3. 有事日期为:2012年07.31、08.11、08.12、08.14、08.15、08.20; 懈怠日期為:2012年08.01、08.10、08.21。

讀書:

  1. 繼續《論語別裁》《論語譯注》,《論語》學習背誦到了八佾第三。
  2. 散讀《百年孤獨》、《浮生六记》。