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日志 2012.12.29
md: 今天启用一轮测试，测试semi下，压缩系数分别为4.5,0与4.5，4.5下界面张力的情况，分别做8，18，32，50，72，98个分子进行测试。 reader:开始研究数息，正在读南师的《禅与生命的认知》
日志 2011.12.28
md: 50个表面活性剂分子的模拟张力很大，压力在10以上，不太正常，现在把它改为不走bendren的v-rescale了，直接走pa-no pr, 而且pr加步骤至50万步，看看效果。 reader: 近来在看初等几何与数学，想重新建立起来一套数学的思维体系，也算是赶走心里对数学的阴影吧
日志 2011.12.20
md: 早上来的时候，机器死机了，救了半天，没救过来，呵呵，于是，后面的100万步需要重新跑了，今天又加了一个模拟，设置x,y轴的压缩系数为0，做下试试。 reader: 今天看了不少的learning python，感觉挺好，iteration在python里面真是发挥的淋漓尽致，强大就两个字！ 学佛: 好久了，以前从来没有发现自己有这么的自私，虽然明知不对，而且现在也能在念起时感觉到，但习性之难除，真的让人很无奈！不过还好，学佛这么久了，总算验证出了一个道理，只要冲着一个方向走，迟早有柳暗花明的一天。另外，还有个大问题需要以后去探究，学佛为什么要修福德资粮，或者通俗的说一下，为什么要做善事，为什么要处处为别人着想，也是为了去除我执吗？
日志 2011.12.19
MD:I have increased surfactant numbers to 72 but the surface tension is still negative. My God, but today, I did a new plan as below: using semiisotropic, set x-y compressirity to zero, check surface tension. reader: 上周几天，看了南师的《宗镜录略讲》，感觉很奇怪，预示着自己又要做出些改变了。 reader: 我的读书方法已经整理完毕，参见我的读书方法，以后可以使用此方法按部就班的阅读了，这么久了，更加明白，努力与方法、习惯一个都不能少的。
日志 2011.12.14
MD：The result of simulate whose steps are 200 thousand is perfect, especially its densitys. There are still three things to do. First, extending 20ns to 25ns to ensure the simulate time is enough. Second, make a simulation which has two phases include oil and water. Third, increasing surfactant numbers to 72 to check if the
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日志 2011.12.13
分子动力学模拟：不挣扎了，现在确定方案，使用opls-aa力场，已经测试完成的模拟步骤来生产了，不再计算界面张力。也许可以考虑使用ms，反正学着也快。 读书：三天轮流进行：数息观主题阅读，化工原理，learning python
日志 2011.12.09
分子动力学模拟：又弄错了，最后的pro阶段不需要，而且它的存在让收集数据不那么充分了。但不npt1跑完6ns后，压力是对了，可是张力却始终为负值，头疼。准备跑一个20ns的npt1，但看结果是否合理吧，这也算是尽了力了，如果张力始终不对的话，就此放弃张力的计算，专心与其他非定量的分析吧。另外，做了一组53a6力场的模拟，npt1只有100万步。 读书：越读者书读完了，近几天把《如何阅读一本书》与《越读者》总结一下，当作自己读书的方法。今天大致看一下aspen吧，近来需要开两个读书项目：一个是关于数息的，另一个关于aspen，感觉很积极，有一种上路的感觉。感谢…。