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日志 2012-05-22
分子模擬 界面張力在表面活性劑數量超過一定值時為負，但在不是負但分子數量很接近為負時的數值時界面張力在開始階段較低，穩定後仍然很高，且體系一直不平衡，在界面層仍然有分子與其它分子不在一層上，因此，為了徹底校驗分子這個界面張力，准備做一系列模擬：盒子尺寸3.5*3.5*14，表面活性劑分別為32, 40, 48, 56, 60, 66，查看界面張力變化情況。這些數據可以做為模擬結果進入正式試驗中。 mdtool.py重構完成，交付使用，perfect，專心加速做模擬，要快出文章呀！！！！！
日志 2012-05-21
分子模擬： 經過一個周末的模擬，68個表活劑3.5*3.5的盒子的體系模擬已經到ext9了，但界面張力有時候會跳動，還不平衡，繼續模擬，而且現在界面張力有增大的傾向，因此有可能不需要68個，比如只需要60個就能達到穩定的最小界面張力，雖然此界面張力和實際值相差較遠。這是因為在模擬初期，68的雖然有時候會很低，但最後還會變大，而小數量的一直很穩定，而且很快會平衡。這幾天再校驗一下。 mdtool.py的重構已經進入後期測試階段，預計兩天之後就能使用。
MediaWiki生成sitemap時去除語言變種鏈接
MediaiWiki 生成sitemap 的php腳本generateSitemap.php會生成語言變種，如簡體、正體的鏈接，對SEO不好，此文用于解決這個問題。
日志 2012-05-18
分子模擬 70的3.5*3.5的盒子的界面張力為負，因此，可以判定cmc時的分子數量為68，繼續上一次68的模擬，同時在另一台機器上考察添加0.15M NaCl的68個的界面張力情況，如果合適的話，就可以正式模擬了。
日志 2012-05-17
分子模擬： 昨天初步測試，72的3.5*3.5的體系界面張力為負，後來又降為68個分子，今天結果有正，大約為4mN/m，挺不錯，繼續70的，看是不是正的。 mdtools.py正在重構，重構，思路和代碼就清晰的多了。 讀書筆記 這幾日在讀《Google時代的工作方法》，挺有感觸，往往我們對目標都不是很清晰，對擋著前面的障礙不知道是應該繞過還是闖過，也就是分不清障礙的類型是真實的還是假性的。
日志 2012-05-16
分子模擬： 70的測試完畢，為正，下午看了一下以前做的72的，發現也是正的，無語，失誤，縮小盒子x,y尺寸，用72個的再次測試。 md_handle.py重構開始。
日志 2012-05-15
分子模擬： 修改了gromacs的輸出參數，不再輸出速度，延長輸出間隔，同時使用xtc，不再保存全精度trr。 66和68個表活劑分子的界面張力初步測試都為正，繼續70的測試 准備重構md_handle.py